自第一家科技企业孵化器在武汉东湖成立后，国家科委始终将科技企业孵化器建设作为重要工作，推动着孵化器事业在不断探索和总结经验教训中，实现稳定发展。
1. 原国家科委权利推动
武汉东湖新技术创业者中心的先试先行，得到了国家科委领导的高度重视和认可。
此后，国家科委开始研究科技企业孵化器这种模式是否能先在一些主要的核心城市开展试点工作。
在联合国科技促进发展基金的资助下，国家科委委托中国科技促进发展研究中心，开展了在中国建立企业孵化器（高新技术创业服务中心）的可行性研究课题。在武汉、天津、广州、深圳、西安交通大学和上海都进行了可行性研究课题。这也是我国科技企业孵化器的第一个专题研究，为促进我国科技企业孵化器的建设奠定了科学的立论依据，为在全国大规模推动科技企业孵化器建设奠定了基础，也直接促成了第一批创业中心的建立。
1988年8月，中国高新技术产业发展计划——火炬计划开始实施。计划明确提出了建立有中国特色的高新技术创业服务中心是火炬计划的一项重要任务。作为火炬计划的重要组成部分，孵化器承载着培育科技型中小企业和科技企业家的重要使命，把高新技术成果的转化、高新技术的孵化与培育，以及高新技术企业家的培育与培养作为核心任务。
虽然解决了大方向问题，但在这一时期，科技企业孵化器“是什么和干什么”“怎么干”都没有成功先例，为了更好的推动孵化器的建设，国家科委不断探索中国情境下的孵化器建设之路。为了解科技企业孵化器，国家科委1989年请武汉东湖新技术创业者中心和英国剑桥孵化器的教授在广州给31个省、市、自治区的38名科技系统干部介绍国内外孵化器的建设情况，学习这个科技体制改革的新兴事物。
1990年1月15日，国家科委副主任李绪鄂主持第一次火炬计划办公会议，研究“加强新技术产业开发区、科技创业服务中心的建设及管理”。1990年5月第二次火炬计划办公会议，提出要“加强创业中心的建设和发展工作。”1990年6月11日，宋健主任出席“天津创业中心启用预报会议”，并发表讲话，指出“创办创业中心很有必要”，号召科技人员到创业中心创业。
1991年11月，国家科委火炬办在天津召开了创业中心工作研讨会。这次会议系统研究、探讨了创业中心的性质、任务、发展方向、发展宗旨和在实际工作中所面临的一系列问题。1992年12月28日，第三次火炬工作会议召开，创业中心代表在大会上做了发言。1993年6月12-20日，全国创业中心管理进修班在成都举办。
1993年8月19日，全国火炬计划五周年成果展示会在北京举办，创业中心参展，江泽民等中央领导人到创业中心展台参观。国家科委表彰天津、成都、哈尔滨、广州和上海5个创业中心集体和个人。
1994年8月8日，国家科委在哈尔滨召开第二次全国创业中心工作会议。这次会议系统地总结了创业中心发展的经验，发布了《关于对我国高新技术创业服务中心工作的原则意见》（国科发火字[1994]304号）。该《原则意见》对创业中心工作的一些根本性的原则做出了明确的规定，促进了创业中心的规范化发展。
1996年1月国家科委颁布了《国家高新技术创业服务中心认定暂行办法》（国科发火字[1996]042号），首次对国家创业中心的各项条件做出了具体规定。
1996年12月1日，国家科委在重庆召开了第三次创业中心工作会议。国家科委副主任徐冠华出席。会议总结了“八五”以来全国创业中心工作的经验和教训，提出了“九五”期间全国创业中心工作的发展方向、工作重点和发展远景。
1997年10月13日，国家科委认定首批国家高新技术创业服务中心，天津、重庆、成都、西安、哈尔滨、长春、武汉、大连、北京、苏州等地创业中心被认定为第一批。
1997年11月国家科委在武汉举办创业中心发展10周年庆典活动。国务委员兼国家科委主任宋健、全国人大常委李绪鄂、国家科委副主任徐冠华出席会议、讲话并题词。会议高度评价创业中心10年取得的辉煌成就，并对突出贡献单位和个人进行了表彰。
从1987年中国首家孵化器成立以来，到1999年这13年的发展历程中，在国家科委和行业实践者们共同努力下，探索出了“服务为主、开发为辅”、自收自支事业单位企业文化管理、有“窝”孵化等中国式经验，整整影响了中国孵化器30年的历程。
2. 制定“服务为主、开发为辅”方针
1990年7月，国家科委召开了第一次全国高新技术创业服务中心工作交流会，提出了“服务为主、开发为辅”的方针，鲜明地指出了创业中心的作用是扶植初创企业，促进成果转化，这是创业服务中心与一般科技开发机构的主要区别。虽然只是简单的一句话，却对我国孵化器的初期发展起到了确定方向的作用，摸索了符合我国国情的孵化器发展模式，有着重要的历史意义。
“服务为主、开发为辅”方针，指出了孵化器就是要办成“高新技术企业的摇篮”“科技企业家的学校”，要通过孵化服务，帮助更多的企业和企业家走上成功之路，即创业中心的基本工作方式是从开发和实施各类服务项目入手，培育企业和企业家，最终通过企业的发展促进地方经济繁荣，主要体现公益性；开发是孵化器发展初期自身条件不足情况下的发展手段，能够与支持企业发展相结合的投资性开发、项目实体开发等也是服务，而不是通过科技开发来获得自身收益。
在“服务为主、开发为辅”方针指导下，我国科技企业孵化器建设主要由政府投入大量资金，赋予特殊的扶植政策，创造最初必需的孵化条件。例如，为入孵企业提供孵化场地，通信手段，代办企业建立的行政手续，组织举办信息发布会、展销会，为入孵企业提供技术和市场信息，以信用担保或借款方式为入孵企业筹措资金，或者通过所筹措的资金投资到孵化企业中等。在这一阶段，科技企业孵化器重在突出社会效益，不以营利为目的，不直接追求自身的经济效益。孵化器主要依靠房屋租金及较少的开发收益维持正常运转。
3. 形成事业单位企业文化管理的机制
经过一段时间的探索，我国科技企业孵化器总结出了以自收自支事业单位企业化管理作为孵化器运行体制的历史经验。当时，我国的创业中心绝大部分选择为事业单位体制：
一是因为创业中心作为火炬计划总体的一部分，与作为事业单位承担国家任务的属性完全契合，且是当初规划建立创业中心时是由国家科委通过地方科委和高新区逐层传导“任务”建立起来的；
二是在创业中心初建阶段作为一个事业单位有利于打好基础，得到政府的重视和支持。而具有这样的政府背景，也是在政府职能由直接管理向间接调控转变过程中，探索和积累政府对高新技术产业发展进行引导的宝贵经验；
同时，政府事业单位的背景也是政府保护和支持民营科技企业态度的重要体现。此外，我国经济体制改革深化发展，建立全额拨款的事业单位已不合时宜，创业中心也更应该探索在服务中心发展，通过政府提供初期的必备条件后，建立自我发展的良性循环。
从中国第一家科技企业孵化器开始，各地科委和高新区创办的创业中心的机构性质往往以事业单位为主，以公益性为目的，人员经费都是自行解决，但其实质就是一个高新技术企业的孵化器。它要坚持培育高新技术企业和企业家的方向，要为企业提供硬软环境的条件，最终达到促进科技成果转化为现实生产力的目的。在整个孵化过程中，在全国有一些创业中心自身没有得到必要的初期投入，在运作过程中的收入来源不能依靠政府的财政拨款，在一段时间形成了“自身尚朝不保夕谈何去孵化他人呢？”的业内讨论，通过一些创业中心的实践形成了事业体制、财政拨款与银行贷款相结合，通过优惠政策、有偿服务和适度开发、发展孵化器的经验模式。