为迎接21世纪的挑战，中国于1999年12月召开全国高新技术创业服务中心工作会议，并于2000年4月举办世界企业孵化与技术创新大会，布局世纪交替时期孵化器工作和任务，以适应世界进步潮流，进一步加快创新创业发展步伐，中国孵化器进入一个新元。2000-2013年，伴随着“科技企业孵化器基地”“孵化器”等关键词出现在国务院文件中，中国各级政府进一步加大对孵化器的支持力度，大专院校和科研院所、民营企业和国有企业、国内外资本纷纷加入创业孵化领域，中国孵化器呈现多元化、专业化、网络化、国际化和市场化等特征，数量跃居世界前列，孵化实力和能力大幅攀升。这一时期，孵化器对科技企业和创业者提供了包括从创意、研究、开发、生产、销售以至企业咨询上市全过程所需的服务，孵化质量和孵化绩效显著提高。
孵化器规模跃居世界前列
在完成了初期探索并积累了大量经验的基础上，进入蓬勃发展阶段的中国孵化器，在孵化实力与能力、产出绩效和对社会发挥的影响作用上更胜一筹，具体体现在孵化器数量、场地面积、在孵企业、在孵企业销售收入、创造就业、累计毕业企业、孵化器服务人员、和孵化器收入等指标上，都呈现快速增长。其中，中国科技企业孵化器的数量、孵化场地面积和在孵企业数量等指标跃居世界前列，成为名副其实的孵化器大国。
1. 孵化器面积和场地数量显著增加
在中国政府的强烈推动下，2000年成为中国实现孵化器大发展、数量从平稳上升转为快速上升的第一个拐点，从百余家迅速增长至上千家。而在蓬勃发展的2000-2013年，在投资主体多元化、运行机制多样化的背景下，中国科技企业孵化器数量快速增长，从164家递增到1468家，年均增长达18.36%（图2-1）。
在孵化器数量快速增长的同时，中国孵化器空间建设得到各地政府普遍重视，孵化面积快速增长，服务创业企业的能力得到显著提升。2000-2013年，中国孵化器场地面积从339.5万平方米增加到5379.3万平方米，增长速度更是达到了23.67%，总面积已经跃居世界第一（图2-2）。到2013年，平均每家孵化器孵化场地面积达到3.66万平方米。
2. 在孵企业数量和总收入快速增长
随着中国科技企业孵化器基础设施的不断完善和容纳创业企业能力的显著提升，孵化器对创业企业的吸引也不断增强，所孵化的创业企业数量持续增长。2000年，中国孵化器在孵企业数量达到8653家，平均每家孵化器孵化着53家创业企业；到2013年，77677家在孵企业聚集在1468家孵化器（图2-3）。这一阶段，中国孵化器孵化了全国近1/3的科技型中小企业，成为高层次创业者聚集地。
这一阶段，只中国孵化器所做出的经济贡献实现快速增长、绩效显著。火炬中心统计显示，中国孵化器在孵企业年总收入2000年为207.5亿元，平均每家创业收入为239.74万元。至2013年，全部在孵企业总收入达到3308.8亿元，平均每家在孵企业总收入上升至425.97万元（图2-4）。去掉一些年份的企业毕业和经融机构等影响因素，明显呈现总体上升态势。
3. 创造大量就业岗位并向社会输送大量高成长企业
作为孵化器社会贡献的重要指标，2000年，中国孵化器在孵企业创造的就业岗位达到14.4万个，平均每家在孵企业从业人员17人；至2013年，全部在孵企业从业人员为158.3万人，平均每家在孵企业创造的就业岗位20个（图2-5）。孵化器在孵企业就业人数逐年递增，以创业带动就业作用明显，成为解决社会就业的重要途径。
为社会贡献成长企业方面，2000年，孵化器累计毕业企业达到2790家，平均每家孵化器累计毕业企业17家。2013年，孵化器累计毕业企业达到52146家，平均每家孵化器累计毕业企业36家（图2-6）。这一阶段，孵化器培育了大批科技成长企业，为经济发展提供了源源不断的动力和支撑。
4. 孵化器从业人员和孵化器收入日益增多
孵化实力和能力增长的同时，中国孵化器行业自身实力也在增强。其中，伴随着孵化器数量的增长，中国孵化器从业人员也不断增长，即越来越多的企业发展服务人员投身到了孵化器中，为创业企业发展提供服务。2000年，中国孵化器从业人员增加到2351人，平均每家发孵化器拥有14名从业人员，2013年，中国孵化器从业人员达到26742人，平均每家孵化器拥有18名从业人员（图2-7）。这些服务人员构成了孵化器培养高素质创业人才的重要基础。
同时，中国孵化器自身经济实力也在逐步提高，2000年，中国孵化器自身实现销售收入8.1亿元，平均每家孵化器年营业额达到494万元；2013年，孵化器总销售收入为181.5亿元，平均每家达到1236.4万元（图2-8）。这表明，中国孵化器在成功发挥各级科技部门落实自主创新战略工具作用的同时，逐步体现处自身的商业价值。
