中国科技企业孵化器从初期探索走向蓬勃发展，创业孵化事业从无到有，从小到大，从“零”起步一跃跻身为孵化器大国。2000-2013年，中国市场经济体制和基本制度不断完善，持续实施科教兴国战略和创新型国家建设战略，国家创新体系不断优化，科技创新创业活动得到进一步迸发，科技企业孵化器发展的外部环境日益改善。
一、市场化改革推动中小企业发展
进入21世纪以来，中国加入世界贸易组织（WTO），成功应对国际金融危机，并适时调结构、转方式，中国经济多年保持持续增长。国家统计局公布数据显示，改革开放以来到2013年GDP年均增长9.8%。2001年，中国GDP超过10亿元，2013年近60亿元，成为世界第二大经济体，高速增长期持续的时间和增长速度都超越了经济起飞时期的日本和亚洲“四小龙”。
中国经济总量的稳步提升，与市场经济体制的确立、经济体制改革的深化密不可分。中国经济体制的改革始于对计划经济弊端的反思与增强国家经济活力的需要，源于市场机制的引入并肯定市场调节的补充与辅助作用，活于国家调节市场、市场引导企业新机制的建立，立于把社会主义市场经济体制作为中国经济体制的改革目标。
从1992年党的十四大到2002年十六大这跨世纪的10年，构建了社会主义市场经济体制的初步框架，确立了社会主义初级阶段基本经济制度，确立了社会主义分配制度改革的机制。2002年，党的十六大指出，中国初步建立了社会主义市场经济体制。建成完善的社会主义经济体制和更具活力、更加开放的经济体系，是21世纪前20年深化改革的主要任务。中国不断深化国有企业改革，进一步增强市场主体的活力，市场决定性作用与加强政府宏观相结合，继续转变政府职能。
2003年召开的党的十六届三中全会，通过了《中共中央关于完善社会主义市场经济体制若干问题的决定》（一下简称《决定》），标志着中国经济体制改革进入完善社会主义市场经济体制的新时期。《决定》提出更大程度地发挥市场在资本配置中的基础作用，增强企业活力和竞争力。如何才能完善社会主义市场经济体制的体制？答案就是全面深化改革。《决定》提出“要适应经济市场化不断发展的趋势，进一步增强公有制经济的活力，大力发展国有资本、集体资本和非公有资本等参股的混合所有制经济，实现投资主体多元化，使股份制成为公有制的主要实现形式”；提出“放宽市场准入，允许非公有资本进入法律法规未禁入的基础设施、公用事业及其他行业和领域”。
面对21世纪国内国际环境的新变化，中国的经济体制改革进入了一个新阶段，改革主要围绕如何完善社会主义经济体制展开。2012年，党的十八大明确提出，“经济体制改革的核心问题是处理好政府和市场的关系，必须更加尊重市场规律，更好发挥政府作用”。2013年，党的十八届三中全会首次提出深化经济体制改革，“使市场在资源配置中起决定性作用”，以及“更好发挥政府的作用”。我国社会主义市场经济发展的内在要求，表明在资源配置中有效市场和有效政府必须有机结合，同时发挥市场和国家的积极作用，二者强强互补，相辅相成，不能互相否定。
在加入WTO和不断完善市场经济体制的背景下，中国创新创业活力进一步开放。据统计，2013年年底，中国已有1500多万家企业，在这1500多万家企业当中，1100多万家企业是小型和微型企业。如果再加上3400万个体工商户，那么小型微型企业应该占到企业总数的94%。到2012年，中国科技型中小企业有16万多家，占到中国独立法人企业的10%以上。到2013年，中国私营企业已经占中国企业总数的70%以上，个体工商户和私营企业产值占国内生产总值的60%以上，从业人员和提供新增就业岗位分别占全国总量的80%和90%以上。市场经济的确立，推动了大规模的中小微企业快速发展。
二、国家创新战略带来孵化器发展机遇
1999年，为贯彻落实《中华人民共和国促进科技成果转化法》，经国务院同意，国务院办公厅转发科技部、教育部、人事部、财政部、中国人民银行、国家税务总局、国家工商行政管理局七部位联合发布的《关于促进科技成果转化的若干规定》，提出“各地方要支持高新技术创业服务中心（科技企业孵化器）和其他中介服务机构的建设与发展，有关部门在资金投入上要给予支持，政策上要给予扶持”，并提出“有条件的高新技术创业服务中心可以依据《中华人民共和国促进科技成功转化法》及其他有关法律、法规和文件规定，建立风险基金（创业基金）和贷款担保基金，为高新技术企业的创业和发展提供融资帮助”。在中国，这是中央政府文件首次明确提出支持创业中心发展的政策，将发展孵化器的政策层级从政府部门专项计划层面提升到了国家政策层面；而以法律实施为基础的国家政策的推出，同时标志着中国科技企业孵化器事业开始迈入法制化轨道。
1999年8月23日至26日，中共中央、国务院在北京召开全国技术创新大会，这次会议主要任务是：部署贯彻落实《中共中央、国务院关于加强技术创新，发展高科技，实现产业化的决定》，进一步实施科教兴国战略，建设国家知识创新体系，加速科技成果向现实生产力转化，提高中国经济的整体素质和综合国力，保证社会主义现代化建设第三步战略目标的顺利实现。大会号召抓住机遇，正确驾驭新科技革命的趋势，全面实施科教兴国战略，大力推动科技进步，加强科技创新，加速科技成果向现实生产力转化，掌握科技发展的主动权，在更高的水平上实现技术发展的跨越。也就在这一年，设立了科技型中小企业技术创新基金，政府开始大规模支持创新企业的发展。
2000年“世界企业孵化与技术创新大会”在上海举行，这是在中国举行的世界高新技术产业领域一次重要的国际性会议，也是企业孵化器领域的第一次较大规模的国际性会议，它对企业孵化器在中国的发展起到重要的推动作用，也扩大了中国企业孵化器在国际上的影响。
2002年6月29日，经第九届全国人大常委会第二十八次会议审议通过，并于2003年1月1日实施的《中华人民共和国中小企业促进法》第三十条规定：“政府有关部门应当在规划、用地、财政等方面提供政策支持，推进建立各类技术服务机构，建立生产力促进中心和科技企业孵化器基地，为中小企业提供技术信息，技术转让服务，促进科技成果转化，实现企业技术、产品升级。”这部法律首次确定了中国科技企业孵化器的法律地位。该法律与国家后来发布的有关鼓励科技企业孵化器发展的政策一道，形成了推动中国科技企业孵化器事业进一步发展的政策法律体系，营造了有利于中国科技企业孵化器发展的政策法律环境。
2006年 1月9日，全国科学技术大会，北京人民大会堂
2006年1月9—11日，中共中央、国务院在北京召开了全国科学技术大会，这是党中央、国务院在21世纪召开的第一次全国科学技术大会，是部署实施《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006-2020年）》，全面贯彻落实科学发展观，加强自主创新、建设创新型国家的动员大会。胡景涛总书记明确提出，到2020年，使中国的自主创新能力显著增强，进入创新型国家行列，为全面建设小康社会提供强有力的支撑。这次大会发布的《国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006-2020）》提出，“对国家大学科技园、科技企业孵化基地、生产力促进中心、技术转移中心等科技中介服务机构开展的技术开发与服务活动给于政策支持”。这是推动创新型国家进程中，国家对科技企业孵化器发展给予的强有力政策支持。2010年，中共中央、国务院发布的《国家中长期人才发展规划纲要（2010-2020年）》同时提出，“继续加大对创业孵化器等基础设施的投入，创建创业服务网络，探索多种组织形式，为人才创业提供服务”，进一步清晰了孵化器为人才创业提供重要的服务意义和目标，进一步确立了科技企业孵化器作为建设创新型国家的有效载体，是为科技创业者搭建的创新创业平台和为创新型人才施展才干创造条件的国家政策基调。
在推动创新型国家建设战略的进程中，国家还在税收政策上对科技企业孵化器的发展给予了重要的支持。2006年2月，国务院发布《实施<国家中长期科学和技术发展规划纲要（2006-2020年）>若干配套政策》（国发【2006】6号），规定“对符合条件的科技企业孵化器、国家大学科技园自认定之日起，一定期限内免征营业税、所得税、房产税和城镇土地使用税”。孵化器税收优惠政策的出台，对扶植科技创业和培育战略性新兴产业产生了积极作用，并得到了社会的广泛关注和创业孵化行业的极大反响。
2007年8月，《财政部国家税务局关于国家大学科技园有关税收政策问题的通知》（财税【2007】120号）、《财政部 国家税务局关于科技企业孵化器有关税收政策问题的通知》（财税【2007】121号）正式颁布，试行期限自2008年1月1日至2010年12月31日；2011年8月，财政部、国家税务总局发文《关于延长国家大学科技园科科技企业孵化器税收政策执行期限的通知》（财税【2011】59号），原规定的2010年12月31日到期的有关税收优惠政策继续执行至2012年12月31日。
至此，中国进一步完善了支持孵化器发展的政策体系，在国家和地方财政资金多年支持孵化器建设发展的基础上提供了税收支持方式，形成了财政政策和税收政策并行支持的财税支持体系，连同法律支持、行政政策支持一道，构成了中国对孵化器支持的完整政策体系，体现了促进创业孵化事业发展强大的国家意志。
此后，中国政府还不断完善这一政策体系，充分运用这一有效的政策工具，发挥其在发展小微企业、促进创新创业等方面的积极作用，并将其纳入科技服务业大力发展。2012年4月，《国务院关于进一步支持小型微型企业健康发展的意见》（国发[2012]14号）文件中明确提出“积极发展各类科技孵化器，到2015年，在孵企业规模达到10万家以上。规划建设小企业创业基地、科技孵化器、商贸企业集聚区等，地方各级政府要优先安排用地计划指标”。政策体系的完善显示了强大的政策号召力，进一步引导各类主体和社会资金加大对孵化器的投入，使得政府与市场主体对创业孵化事业的发展形成巨大合力，不仅孵化器数量不断增长、类型不断丰富、服务能力不断提升、服务绩效更加突显，还使孵化器建设延伸到每个省、市、自治区，并进一步拓展到县市区和镇乡村，扩大了创业服务受益者范围，缩短了城乡发展差距。这些政策还有效改善了孵化器运行状况，弥补了孵化器房租亏损和服务支出，在降低孵化服务成本的同时使孵化器进一步聚焦创业企业成长，培育了大批战略性新型产业的源头企业，促进了所在地区经济结构调整和增长方式转变。在中国创业板首批上市的28家企业中，7家科技类企业全部来源于孵化器毕业企业。完善的孵化器政策体系对培育科技创新、创业、创税，以及孵化器公益事业的颊囊发展具有重要的战略意义，并极力社会资金对孵化器建设的投入，有效地支撑了全国科技创新创业活动。
中国科技创业孵化事业受到了党和国家领导人的热忱关怀。2000年1月和2002年5月，江泽民总书记先后视察北京海淀留学人员创业园和成都高新区技术创新服务中心，极大鼓舞了中国孵化器的进一步发展。2003年1月，胡锦涛总书记到中关村国际孵化园视察，对留学人员归国创业工作做出了重要指示。2006年1月，胡锦涛总书记又来到厦门留学人员创业园视察，对孵化器在企业孵化和科技创新方面的成就和作用给予高度评价，并要求孵化器在开拓市场、企业管理、人才培训等方面更多地为入孵企业提供服务和帮助。2008年11月，时任中共中央政治局常委、中央书记处书记、中华人民共和国副主席的习近平来到广州国际企业孵化器调研，在当时国际金融危机形势下，指示广州国际企业孵化器“要主动应对国际金融危机，加大自主创新力度，优化产业结构，转变发展方式，提高核心竞争力，趋利避害，化‘危’转‘机’”。