在科技部主导下，财政部、国家税务总局等部门以及各地方政府、各社会组织的广泛关注与支持，中国科技企业孵化器的行业管理与支持体系逐渐健全。
国家行业管理渐趋成熟
为进一步加强对孵化器的指导，2000年4月，科技部制定并颁布《关于加快高新技术创业服务中心建设和发展的若干意见》（国科发火[2000]157号）。2001年7月，科技部制定并颁布了《中国科技企业孵化器“十五”期间发展纲要》和《关于“十五”期间大力推进科技企业孵化器发展的意见》，提出了“十五”期间孵化器发展的指导思想、原则目标和推进措施。
2003年4月，科技部发布《关于进一步提高科技企业孵化器运行质量的若干意见》（国科发火字[2003]96号），在中国进入孵化器数量快速发展阶段，及时提出质量并重、特别是强化运行质量的指导意见，进一步加强了对全国孵化器建设的指导和支持，并将之作为加强全国高新技术产业化工作、推动国家高新区“二次创业”的重要任务之一。
2005年1月，科技部以“国科发火字[2005]15号”文发布了《关于印发<高新技术创业服务中心管理办法>的通知》，进一步明确了科技企业孵化器的宗旨、功能，目标，突出了国家高新技术创业服务中心的认定与管理，明确并细化了国际高新技术创业服务中心的企业入孵条件和毕业标准。
2006年，《科技企业孵化器（高新技术创业服务中心）认定和管理办法》（国科发高字[2006]498号）、《中国科技企业孵化器“十一五”发展规划纲要》相继出台，为科技创业载体建设快速提升提供了完善的政策指导和保障。“十一五”发展规划提出“孵化器+创业导师”“孵化器+创业投资”的孵育模式，凝练出“推动建立投资主体多元化、运行机制多样化、组织体系网络化、创业服务专业化、服务平台标准化、服务内容国际化”的指导思想，指引了中国孵化器向纵深发展。
2007年8月，科技部火炬中心组织编撰并出版了《科技企业孵化器工作指引》一书，成为中国孵化器行业首部运营管理服务“操作手册”。2007年11月，《科技企业孵化器评价指标体系（试行）》（国科发火字[2007]745号），全面系统总结了国内外孵化器发展经验，进一步规范了中国科技企业孵化器的创业孵化活动，引导科技企业孵化器更好实现功能定位，进一步推动了全国科技企业孵化器持续健康发展。
基于孵化器内涵的不断发展与丰富，孵化器在创新型国家建设、培育科技型中小企业、培养创业领军人才中的作用与绩效日趋显现。为适应新形势需要，2010年，科技部重新制定颁布了《科技企业孵化器认定和管理办法》（国科发高[2010]680号）（以下简称《办法》），在基础设施建设、服务团队、服务能力与水平和服务绩效等方面，对国家级孵化器提出了更高的认定标准，并强调了国家对县域孵化器等孵化器建设与发展的引导。新《办法》将落实自助创新战略、人才强国战略确定为孵化器的发展目标，强调各级地方政府和科技行政主管部门、国家高新区管理机构要把孵化器发展作为引进高层次科技创业人才，提升区域自主创新能力和产业技术升级的中心环节，并应在孵化器的发展规划、用地、财政等方面提供优惠政策支持。
进入“十二五”时期，面对国内外环境发生着的深刻变化，科技部审时度势，在2012年印发的《国家科技企业孵化器“十二五”发展规划》（国科发高[2012]1222号，以下简称《“十二五”规划》）中，明确提出孵化器要实现从注重载体建设向注重主题培育转变；从注重企业集聚向注重产业培育转变；从注重基础服务向注重增值服务转变；从注重科技创业孵化向注重科技创新创业的全链条孵化转变；从注重基础建设向可持续发展转变，形成孵化器投资主体多元化、运行机制多样化、组织体系网络化、创业服务专业化、服务体系规范化、资源共享国际化的发展局面。《“十二五”规划》进一步强调在孵化器整体规模扩大的基础上，努力提高孵化能力和服务水平、拓展服务领域、提升服务质量、提高孵化效率，特别是强化孵化器在资本驱动方面的组织功能。鼓励孵化器与创业投资机构合作，建立孵化体系内的天使投资网络，实现孵化体系内资金和项目的共享。要求积极完善孵化器的投融资机制，鼓励孵化器及其管理人员持股孵化。并将持股孵化作为一项激励机制，充分调动从业人员的积极性。《“十二五”规划》还首次提出新时期发展创业孵化事业的政府引导原则，既强化政府规划引导、公共财政支持的核心作用，又充分发挥市场配置社会资源的基础性作用，引导多种管理体制和运营机制孵化器的发展，引导中国科技企业孵化器事业开始啦全面深化发展。
2011年5月，中国首次开展国家级科技企业孵化器复核工作，对全部国家级科技企业孵化器开展定期检查，并开始建立国家级科技企业孵化器动态管理机制、退出机制，使得中国保持一支高标准、高质量、高绩效的国家级孵化器队伍。
从2013年开始，科技部火炬中心又研究制定了《国家级科技企业孵化器评价指标体系（试行）》，开展国家级孵化器工作绩效评价。这一旨在加强和规范国家级孵化器孵化服务，引导中国科技企业孵化器健康发展的举措，进一步促进了孵化器提升孵化能力和绩效，从而提高社会贡献率。其中，在连续年度考核评价中涌现出的一批国家级优秀科技企业孵化器，成为中国孵化器中的优秀标杆。
各地加大管理服务力度
在国家政策的导向下，各级地方政府、科技行政主管部门、国家高新区出台配套政策和措施，各省、市、自治区、计划单列城市、副省级城市即部分市、县、区结合本地实际情况制定了相应的科技企业孵化器管理办法，从而使中国科技企业孵化器建设迈入了规范管理、有序运行的轨道。
按照国家对孵化器发展的指导性文件要求，各地出台了孵化器发展的地方性政策。北京、武汉、杭州、昆明等出台了相应孵化器发展的政策法规，厦门、成都、河北等结合高新区建设，出台了鼓励、扶持孵化器的具体政策条款。
2000年12月20日，北京市政府印发《北京市关于加快科技企业孵化器发展若干规定（试行）》，其中第三条明确规定：“鼓励境内外机构、行政管理部门注册为企业法人，注册名称中可使用‘孵化器’字样，经营范围‘科技企业孵化’。符合科技类民办非企业单位条件的可按有关规定，由民政部门核准登记为民办非企业单位法人，登记名称中可使用‘孵化器’字样，业务范围为‘科技企业孵化’”。
与此同时，北京市政府印发的《北京市关于加快科技企业孵化器发展若干规定（试行）》对孵化器施行征收5%营业税的优惠。入孵企业具有优先享受各类优惠政策的机会和某些特殊权益；入孵企业开办两年内免征营业所得税；如获科技部中小企业创新基金资助，可配套30%的北京市技术创新创业资金。建立了孵化器专项资金。国家层面上设立年总额为5000万元的孵化器建设引导资金和合作基金；建立北京市技术创新创业资金，用于入孵企业的创业投资，投资额不高于入孵企业权益投资的20%；此外，通过高新技术创业发展融资担保资金，用于孵化器入孵企业的融资担保。政策规定了在孵化器经营者中可以实行年薪制或股权激励。
《武汉市人民政府关于加快高新技术创业服务中心建设和发展步伐的通知》对孵化器和入孵企业享有的优惠政策做了明确的规定。其中提到可以减免设计市属权限内基建的规费；孵化器的非营业收入享受税收优惠；以税收返还的形式对孵化器进行补贴、视为补贴性收入；入孵企业可以优先推荐上市；留学人员创业可以获得一定的资金资助；开发区每年向孵化器投入1000万元；在孵化器中，管理人员持股不得超过25%。
浙江省科技厅于2005年和2009年先后出台了《浙江省重点科技企业孵化器建设资金使用办法》等文件。杭州市于2006年出台《关于进一步加快科技企业孵化器发展的实施办法》，对加快孵化器建设和发展提出了非常有力的支持措施。嘉兴市于2007年出台了《关于加快孵化器建设和发展的若干意见》。这些政策对孵化器的发展起到了很大的促进作用，为孵化器及专业孵化器的发展营造了良好环境。
青岛市委、市政府为助力山东半岛蓝色经济区建设，提出在海洋生物医药、深海探测、新能源、新材料、软件服务业、高端制造、云计算、信息通信、橡胶材料与装备等领域建设千万平方米孵化器的全新发展战略。大力加强孵化器建设，将成为促进青岛经济转型、实现蓝色经济跨越发展的助推器。
创新基金助力创业孵化
融资难一直是困扰众多科技型中小企业发展的难题。科技型中小企业技术创新基金自1999年经国务院批准设立，是用于支持科技型中小企业技术创新的政府专项基金，开辟了中国政府以财政资金支持科技型中小企业发展的先河。创新基金从设立之初就成为科技创业企业的“希望工程”，帮助处于初创期的科技企业跨越“死亡之谷”，把支持科技型中小企业技术创新当做自己的使命，为中国处于初创期的科技创业企业提供了政府天使支持。依托于创新基金并与创新基金紧密结合，孵化器在支持科技创业融资方面的功能如虎添翼，极大地提升了孵化器支持创新创业的成效。
创新基金的基本资助手段是贷款贴息，无偿资助和资本金注入。在总结初期面向全国中小企业，通过支持成果转化和技术创新培育和扶持科技型中小企业的经验，以及处于孵化器的小企业往往达不到与成熟度较高的、处于快速成长期企业同等申请标准的实际情况后，创新基金自身不断创新，开发出适应不同发展阶段和创新方式的自助新品种，将处于种子期和初创期的创业企业，以及通过技术转移获取高新技术以有效实施成果转化的中小企业创新项目纳入了支持重点。其中，专门面向孵化器和孵化器企业的创业类和“孵化+投资”类资助品种，极大地促进了中国孵化器投融资能力的提升。
为加大对初创科技型小企业的扶持力度，2003年起，创新基金开始尝试专门面向孵化器中孵化期企业的“小额资助项目”，选择了一批具备一定额度自有孵化基金、孵化场地内初创期企业达到一定规模数量、且具有较强孵化能力的科技企业孵化器（创业中心）作为依托机构，对其所有孵化的成立时间不超过18个月，员工不超过30人，注册资本不超过100万元的科技型初创企业提供30万元左右的“小额资助”，进一步体现了鼓励创新，支持创业，加速科技成果转化的创新基金宗旨。
经过两年的试点探索，2005年，创新基金将“小额资助项目”固定为“研发资助”类项目，继续支持孵化期创业企业；同时，进一步开发出“投资补贴类”项目，选择了一批具备一定投资能力和条件的孵化器作为小企业创新服务机构，向这些服务机构投资的初创期企业项目提供支持，助推孵化器探索实现天使投资功能。
创新基金支持创业和创业孵化的创新还在继续。2007年，创新基金在将孵化器内成立时间在18个月以下、注册资金不超过300万元的项目作为“初创期小企业创新项目”并向其继续提供支持的同时，又专门设立了创业投资引导资金，为全社会所有投资初创期企业的投资活动及其所投资的创业企业提供支持。一是发展出“风险补助”项目，对投资于初创期企业的投资活动提供5%投资额的补助，作为对其天然发生的风险的弥补。而具备投资功能的孵化器作为特殊的投资机构类型，与各类专业投资机构一道，成为风险补助项目的支持对象；二是设立“投资保障”类项目，以“投资前资助”品种支持投资机构拟投资的项目，并以“投资后资助”品种支持投资机构实现投资的项目；三是落实了创新基金资本金注入模式的最初设计，开始向包括孵化器设立的具有一定规模的专门面向初创期企业的投资公司（基金）提供优惠的资本金注入支持，扩大其投资规模，引导了更多投资机构从关注上市前阶段的中小企业转向专注于初创期企业。
在前期成功探索基础上，2010年开始，创新基金将“试点政策”扩大为“普惠政策”，在无偿资助支持方式中，将社会上所有成立时间在36个月以下的企业的优秀“初创期项目”纳入正常支持范围，使得受创新基金资助企业中的初创期企业比例急剧扩大。截至2012年，全国3万多家受资助企业中，33%是成立时间不足18个月的初创型企业，有59.5%是员工人数在100人以内的企业。
创新基金的“雪里送碳”，使得创业孵化事业更加如虎添翼。