进入21世纪以来，随着建设创新型国家战略的推进，中国科技企业孵化器事业进入繁荣发展阶段，多种形态的孵化器百花齐放。在传统事业单位孵化器、国有企业孵化器的基础上，民营企业孵化器、中外合资孵化器开始出现，留学人员长夜元、国家大学科技园、专业型孵化器渐趋成熟，创新型孵化器开始萌芽，孵化器国际化迎来新一轮探索。中国孵化器呈现投资主体多元化、形式多样化、功能专业化、技术服务平台化和组织网络化等多种态势，在全国形成了蓬勃、规范、有序发展的良好势头。
孵化器投资主体多元化
2000-2013年，中国科技企业孵化器从以往以财政为主的投资模式，逐步转向政府、高等院校、科研院所、企业、个人、投资机构和外资机构等积极兴办孵化器的多元化投资模式，在事业单位孵化器、国有企业孵化器发展的基础上，民营企业孵化器、中外合资孵化器也相继出现。
民营企业孵化器异军突起
中国最早的民营孵化器是南京民营创业中心，诞生于1999年。再次之前，国内大多数孵化器是国有资本投资的企事业单位。2000年前后，一批民营企业或个人开始创办孵化器，进而带动更多民营孵化器以异军突起之势，成为中国孵化器建设中的一支重要力量，成为中国科技创新载体建设中的一股新生力量。
民营孵化器是以民营资本投资，利用民营机制的灵活性和民营资本的便利性，配备相应的服务力量，发挥民营企业家创业的而经验与资源网络，通过持股孵化和整合中介服务力量，推动科技创业企业加速成长，是中国孵化器事业多元发展的有益尝试。
民营企业孵化器按照市场经济的规模运作，其运行表现出以下特点：
一是市场化运作能力强，更加关注引进有市场发展潜力的创业企业入孵。
二是管理成本低、办事效率高、决策环节少。
三是孵化服务内容丰富且灵活多样。民营孵化器可以采取股权投资、风险投资、增值服务、中介服务等各种方式以实现孵化器价值。
四是多元投资主体。民营孵化器改变了以政府单一投资为主体的模式，其投资主体可以是企业、大学、科研机构、民间组织以及国外资本等，害了一由这些经济组织共同参与构成。
五是企业建制。民营孵化器建立了较为规范的现代企业制度，具有完善的组织结构和有效的激励约束机制。
六是追求营利。民营孵化器的企业型决定了其经营目的，以实现企业价值最大化为其一切行为的出发点，在中国运用孵化器的“政府工具”性获得成功的基础上，将孵化器这一多重功能载体的商业模式价值开发并显现出来。
中外合资合作孵化器开始发展
随着全球经济一体化进程的加速，企业已经进入全球化竞争时代，越来越多科技型中小企业对国际化发展需求越来越迫切；同时，孵化器行业经过十几年的发展，已经进入了支持孵化器提升专业服务能力，以电脑孵化器向专业化、市场化、国际化发展的额全新时期。在此背景下，中外合资建设的孵化器纷纷涌现。
这一阶段，许多内地投资者和海外投资者、境外企业和境外资本到中国境内合作投资兴办孵化器，以良好的硬件设施、软件质量、强力资本以及针对中国现行各种优惠政策的更有利条件，吸引中国的科技型中小企业入孵与成长发展。与此同时，不少国内孵化器在投资主体中引入外资，通过中外合资资源整合国内外的科技创新服务资源，构建科技型中小企业国际化的服务体系，更好地实现中小企业“引进来”与“走出去”。
来自美国、以色列、芬兰等国的知名孵化机构也来华，独资或与国内合作创办了一批孵化器，带来了国外孵化器发展新理念。国内孵化机构还与韩国、美国、澳大利亚、英国、法国、印度等国家的政府机构、孵化/加速机构、VC、行业联合会等开展共同孵化合作，对接全球创新链，形成了充分利用国内外资源和市场提升创新水平，加速创业企业成长的国际化发展新局面。
这些孵化器基本具备了国际水平的孵化场地，管理队伍素质也有较大的提高，并与俄罗斯、美国、法国、英国、意大利、芬兰、韩国、波兰、澳大利亚等国的企业孵化器、科学园区建立了包括培训、互换人员、建立伙伴关系等多种形式的合作关系，一批在孵项目还被列入了中俄、中捷、中波等政府科技合作项目。上述这些国际企业孵化器还与中国香港、中国台湾孵化器开展了合作孵化，并影响带动了国内更多孵化器开展国际创业孵化。
一些国家的官方机构或企业纷纷在中国设立孵化机构，或与中国合资建立国际企业孵化器，为两国间双边孵化、项目合作、技术转移、人才交流等方面提供有力支撑，并成为两国企业之间进行相互交流的窗口，帮助本国入驻企业加强与中国相关行业企业的合作，同时也为其他希望与中国企业进行交流与合作的本国企业提供咨询服务。包括入驻北京中关村的“韩国IT发展中心”，分别在中国多地的以色列孵化器、山东省与乌克兰教育与科技部科技合作协议创办的“济南中乌该科技合作园”、山东省与白俄罗斯合作兴办的“中白科技园”、辽阳市政府与俄罗斯托木斯克市政府合作创办的“中俄高新技术成果推广示范基地”等。
多模式孵化器渐趋成熟
进入21世纪以来，随着中国孵化器建设向纵深发展，传统单一模式的科技企业孵化器不断衍生、演化，留学人员创业园、专业技术孵化器、大学科技园快速发展，形式多样化、功能专业化、技术服务平台化和组织网络化发展，在全国形成了健康、蓬勃、规划、有序发展的良好势头。
留学人员创业园快速发展
中国留学人员创业园是在改革开放背景之下，国家为吸引海外留学人员回国创业而建立的一种创业孵化载体。在党中央、国务院的领导下，在各地各部门的积极推动下，随着国家对吸引留学人员回国创新创业的重视，相关政策不断丰富，服务机制逐步健全，留学人员回国创新创业环境日益完善，留学人员创业园快速发展。
2000年6月，科技部、人事部、教育部印发了《关于组织开展国家留学人员创业园示范建设试点工作的通知》（国科发火字[2000]257号），决定在现有留学人员创业园的基础上，建立一批国家留学人员创业园示范基地，引导全国留学人员创业园的发展，为留学人员回国创业营造更为有利的条件。
2000年10月，科技部、人事部、教育部确定北京等11家留学人员创业园作为第一批国家留学人员创业园示范建设试点。2000年10月26日，成都高新区留学人员创业园举办第一节全国留学人员创业园网络年会暨全国留学人员创业园发展座谈会。科技部、人事部、教育部、国家外国专家局、四川省及成都市有关领导、46家留学人员创业园的负责人参加了本次年会。2008年10月，由北京、上海、天津、重庆、深圳、武汉、南京等地44家留学人员创业园发起的中国留学人员创业园联盟成立。
据教育部发布的统计数据显示，从1978年到2013年年底，中国留学回国人员总数达到144.48万人，有72.83%的留学人员学成后选择回国发展，依靠核心技术和自主知识产权创业已成为留学人才回国的新热点。一波波留学人员回国的创新创业浪潮，也催生了各地留学人员创业园的建设发展。
在科技部与人事部门、教育部门的共同推动下，到2013年年底，全国已建成各级各类留学人员创业园超过260家，有近4万名留学人员在园创业和工作，在人才引进与企业培育等方面取得了丰硕成果，成为吸引与支撑海外留学人员回国创新创业的重要载体。目前，有超过70%的留学人员创业园都依托于各地科技企业孵化器和科技创业服务中心进行建设和管理，其中一部分被认定为国家级科技企业孵化器，从中诞生的一大批高新技术企业和多年摸索形成的孵化模式，在中国战略性新兴产业的发展和科技创新体制的建立中发挥出了重要的作用。
各地留学人员创业园基础设施及配套环境建设也进一步完善，建立了各类专业技术平台，同事信息化水平明显提高，初步实现了基础设施、政务服务、企业管理的信息化；管理和运营进一步趋于企业化和市场化；通过与国家和地方各类人才计划和创新创业基金等契合；专业孵化趋势更加明显；更注重纵向延伸与横向联合，政府、园区、企业资源与需求形成了上下联动；各地留学人员创业园的孵化能力继续提升，初步形成了满足企业初期孵化、加速孵化、成熟孵化的多成俗的孵化体系，成果转化率显著提高。
各地留学人员创业园孵化出了一批具有行业驱动力和全球竞争力的留学人员企业，在电子信息、生物医药、能源环保、新材料、高端装备制造、现代服务等新兴产业领域发挥出了机器重要的作用，为中国科技企业提高自主创新能力起到了示范作用，加速了“中国创造”的进程以及中国和国际经济的接轨。同时，引进与培育了一批具有社会影响力和国际知名度与国际号召力的企业家，树立成果典范，传播先进技术与经验，进一步带动海外留学人员回国服务，为中国建设创新型国家积累了丰富的人才资源。
至此，留学人员创业园已成为海外高层次人才回国创业的重要载体，成为推动科技成果转化、培育高新技术产业的重要基地，成为国家创新体系的重要自称部分，并将在未来迎接新一轮科技革命和产业变革的挑战中肩负起更多的使命与责任。
专业技术孵化器大量涌现
2000年—2013年，形式多样、适应各类主体创新创业需要的、富有特色的专业孵化器不断涌现，一批软件、生物、新材料、制造业、高新技术、多媒体、都市工业设计、环保、集成电路设计和农业高新技术等专业特色极为鲜明的专业技术孵化器随着高新技术产业的发展应运而生，在孵化条件、服务内容和管理队伍上更加专业化，更加有利于孵化企业的市场开拓和规模发展，有力地促进了相关领域的产业发展。
到2013年，中国共拥有专业孵化器455家，占全部孵化器的1/3左右。专业孵化器较之综合型的企业孵化器具有不可比拟的竞争优势：拥有更强的人才、技术、管理、市场等资源的整合能力和整合效率，孵化成功率高，投入产出比高。有利于吸引本专业范围内的又是项目，有利于聚集本专业领域内专家的优势力量，有利于形成本地区特色的产业集群，等等。此外，专业孵化器可大大降低创业企业的成本，创业成本的高地对于初创企业起着至关重要的作用。
首先，专业孵化器除提供综合孵化器共有的一般共享服务外，还为在孵企业提供专业化的中试基地、实验室和专业化的技术平台，减少了初创企业公用技术设施的投入。专业孵化器还拥有专业化的技术咨询、专业化的管理培训，在很大程度上为初创企业在技术研发、生产运作、经营管理及市场开拓方面节省了成本。
其次，专业孵化器有利于提高在孵企业的创新能力，专业孵化器内聚集的是一批以专业化分工和协作作为基础的同一产业或相关产业的中小企业群，通过信息的交流，请打的竞争压力转化为强烈的创新动力，逐渐形成一个创新群落，在创新中发挥集群优势。
再次，专业孵化器根据“专长”能最大限度地整合内外部资源为在孵企业服务，有效提高中介服务机构的专业化水平，最终形成一个以孵化器为核心的，分工精密、细化的服务体系。
最后，专业孵化器易于实现企业化运作，专业孵化器能介入在孵企业和项目的管理与发展运作，从改善内部管理、协助市场开拓、融资策划等方面对孵化企业进行支持，其着眼点在于孵化成功项目（或企业）的合作及以后的利润分成，大大提高了孵化器的经济效益和孵化的成功率。
广州华南新材料创新园、上海张江生物医药孵化器、北京新材料孵化器、北京863软件孵化器、陕西杨凌农业专业孵化器、厦门广电子孵化器、天津塘沽海洋技术专业孵化器等一批具有第阿彪性的专业技术孵化器运营状况良好。超过一半的省份都建立了与该省份产业布局相适应的软件专业孵化器。在中国孵化器较发达的地区如先、成都、武汉、上海、厦门等地已经出现专业孵化器集群。同时，一批现代中药、集成电路、精细化工等公共技术服务平台在孵化器建成，弥补了科技型中小企业在科技人才、研发设备、开发资金等方面的不足。
实践证明，专业孵化器对促进相关技术领域的技术转移、成果转化、企业培育、产业发展发挥了重要作用。专业孵化器在建立之初就明确了专业领域，在本身的人才、设备配置上具备专业化的基础，通过提供专业化设备、服务来吸引某一行业内的创业者，这些企业通过专业技术服务被吸引到孵化器，从单个企业逐渐发展成覆盖行业的产业链。
国家大学科技园成效显著
作为20世纪80年代以来改革开放的产物，国家大学科技园是在高等学校科技产业发展的基础上和高新技术产业开发区建设的激发下，逐渐创办和发展起来的。经历自发起步和探索发展、政府指导与规范发展时期后，进入21世纪的国家大学科技园不如凯苏发展、稳步成长阶段。
2000年1月，科技部、教育部在沈阳召开“国家大学科技园试点工作会议”，全面部署国家大学科技园的建设试点工作，开启了中国大学科技园建设快速期。同年8月，科技部、教育部又在武汉召开“国家大学科技园建设试点工作”会议，总结试点工作经验。2000年11月，科技部、教育部正式印发了《国家大学科技园管理试点工作》，明确了国家大学科技园的认定管理成语和评估指标体系。
在科技部、教育部和地方政府的大力推动下，大学科技园得到了快速发展，取得显著成效。2001年3月，科技部、教育部在北京召开了首次“国家大学科技园国家大学科技园认定评估会”，组织各方专家对清华大学科技园等15个试点国家大学科技园和重庆大学科技园进行评估认定。5月，科技部和教育部根据专家评估的意见，对先后参加试点工作的20多个大学科技园进行评审，15个删掉呢单位顺利通过评估，四川大学科技园被分拆成四川大学科技园和电子科技大学科技园，另外还有山东大学科技园等6所非试点单位也通过了评估。之后，两部正式授予了清华大学科技园等22个大圩而科技园为国家大学科技园。
从此以后，国家大学科技园围绕转化科技成果，孵化高新技术企业、培养高素质人才的需要，加快基础设施建设，清华体制、机制创新，健全支撑服务功能，建立多元化投融资渠道，完善信息服务网络和组织网络，根据“精简、高效、服务”的原则，建立起适应市场经济规律，有利于“官、产、学、研、金、介、贸”结合的管理体制。地方政府把大学科技园建设纳入地方经济和社会发展规范，明确大学科技园的发展目标、功能定位、重点任务、扶持政策和组织实施措施等。高效充分利用自身资源，积极利用社会资金，加快大学科技园基础设施建设，形成包括孵化场地、通信网络等在内的功能配套，设备齐全的基础设施、为科技创新创业提供良好的硬件环境。
中国大学科技园牢固树立“依靠又是学科，发展特色产业”的指导思想，结合大学的学科建设抓科技成果产业化，同时以国际化的眼光，加强国际交流与合作、加大吸引海外优秀人才回国的工作力度。大学科技园对国家创新体系的建设的一个重要贡献，是以大学为核心的区域创新网络的形成。大学科技园不仅孵化大批创新创业，还有大学科技企业的进驻；还大量吸引社会企业或大企业研发机构、社会研发机构和工程中心入园；为建立完善的社会支撑体系，还吸引包括金融、财会、法律、设计、测试、培训、咨询、信息和物业等社会中介服务机构入园，在大学与企业双向互动创新链的基础上，由于大量企业、研发机构和中介服务机构在科技园内集聚，大学与企业、研发机构与企业、企业与企业、企业与中介服务机构的相互联系、相互作用的结果，必然会产生一种宏观的集聚效应，形成大学科技园的创新网络。创新网络中集聚了大量的社会资源，处于这个创新网络中的企业不仅可以充分利用大学的各种资源，还可以充分利用创新网络中各种各样的丰富资源，这就为企业的生存和发展提供了有力的环境和条件。由于创新网络能够给企业提供创新网络以外的企业难以获取的资源，因此，大学科技园内的企业往往具有高附加值、高成长性的特色，成功率比较高，而入园企业的高成功率又甲强龙创新网络的凝聚力和吸引力。
大学科技园最主要、最重要的功能是孵化器功能，这是大学科技园自身发展的优势和价值所在。大学技术向企业转移不是简单的技术交易过程，二是企业以引进的技术为起点进行技术创新的过程。这个过程需要后续的智力和技术支持，也需要其他相关的多种学科和技术的集成和支撑。这就需要大学科技人员的介入。没有大学科技人员这个只是、技术、智慧和智力载体的介入，特别是在企业与大学间存在技术落差的情况下，往往导致技术转移的失败，而大学科技园在这方面择优较高的成功率。
教育资源转换为产业资源和创新资源，大学科技园是一个很好的范例，通过大学科技园，科技和教育资源能够得到充分的利用，实现产学研的良性互动。大学科技园把产学研的优势聚集在一起，帮助企业成为技术创新的主体。另外，科技园区的商业模式使大学科技园的孵化平台、学校的重大项目和市场实现对接，提升了学校的科研水平。初步统计，在清华科技园里的企业，2/3都和清华大学有很强的合作关系，一大批科研经费反哺清华大学。
大学科技园还通过自建孵化器的方式，吸引师生、校友创业。
在国家政策的以电脑下，各地政府也纷纷从组织协调、赌徒及基础设施建设等方面对大学科技园给予大力支持，并相应出台了多想优惠措施。如湖北省、武汉市政府先后出台了有关土地、财税、企业孵化、产业扶持等一系列优惠政策，支持大学科技园建设和发展了成立了省、市、政府领导、东湖高新区管委会领导以及依托高校主要领导自称的东湖大圩而科技园建设领导小组，嘉庆对大学科技园建设的知道和协调工作，实现政府支持、区校建设的发展方式。各省市、大学相继出台支持大学科技园发展的优惠措施，在资金、政策等方面创造良好的发展环境。如上海杨浦区政府先后投资近1亿元为复旦科技园建立了国定路7000平方米的孵化基地和国康路1.8万平方米的孵化基地，2000平方米的复旦科技园商务楼也得到了杨浦区的资金支持。在各地方政府的参与和支持下，国家大学科技园发展的地方特色逐渐形成。
到2013年，随着科技、教育改革的不断深化、地方政府和高校更加重视大学科技园建设，国家级、省级和高校自办的三级大学科技园体系日渐成熟，全国共有大学科技园94家，涵盖23个省、自治区和直辖市。这一时期，国家大学科技园建设取得显著成果。截止2013年年底，94家大学科技园场地面积达到775.9万平方米，大学科技园孵化企业总收入就达到262.1亿元，在孵企业8204家，累计毕业企业6515家。