各地建立孵化器行业协会
2000年，北京市科委支持创办了全国首个省级孵化器协会——北京创业孵育协会。从此以后，全国各地纷纷组建了行业协会组织。
2000年6月，北京创业孵育协会（Beijing Business Incubation Association，BBIA）正式成立。该协会是由北京市各企业孵化机构、咨询服务机构、投融资机构、科研机构和高科技企业等自愿联合发起成立的社会团体。其宗旨是加强各企业孵化器同科研机构、中介服务机构、风险投资机构等的联系，增强首都各企业孵化器的孵化能力，使其促进科研成果转化，孵育创业者和新建高科技小企业的潜力得以充分发挥，从而推动首都高新技术产业的发展，推动首都创业孵化体系的蓬勃发展。
北京创业孵育协会成立以后，推出了一系列有特色的服务内容：一是孵化基地的审批。按照北京市科委的要求，每年审批若干符合条件的孵化器作为北京市高新技术产业孵化基地，并给予相应的政策扶持。二是每年对各孵化器进行一次测评，引导孵化器行业健康发展。三是积极进行孵化器理论研究和政策研究，总结经验，指导实践。四是翻译介绍外国企业孵化器的经验。如德国孵化器、法国孵化器、以色列孵化器、芬兰孵化器等。五是编印《北京市企业孵化器年度报告》，每年一期，在行业内及相关单位发行，比较系统完整地保留了北京地区孵化器发展的历史数据和资料。六是组织各孵化器管理人员进行定期培训，不断提高孵化器管理水平和服务水平。七是组织各孵化器管理人员进行定期培训，不断提高孵化器管理水平和服务水平。八是利用每年一度的北京科博会举办企业孵化器国际论坛。九是开展多渠道的对外交流活动。组织孵化器管理人员出国参观、学习、培训，努力提高孵化器的国际化能力。
上海科技企业孵化协会成立于2004年12月，其前身是成立于1999年的上海市高科技企业孵化器网络。经过几年的发展，上海市孵化器已由1999年的13家发展到31家，建成了集成电路设计等专业孵化器12家，通过了ISO质量体系认证的有4家，形成了由政府投资为主及由大学、风险投资公司、民营机构等共同参与的多元化投资格局。
2016年12月华东科技企业孵化器网络年会
上海市科技企业孵化协会成功举办了16届“华东孵化器网络年会”，为进一步推进华东科技企业孵化器健康发展，完善区域创新发展机制，强化创业辅导功能，加强孵化器间的信息交流，促进资源共享做出贡献。
其后，全国各地也陆续成立了地方孵化器行业协会。
天津市科技企业孵化器发展促进会是以天津市各科技企业孵化机构为主体，联合咨询服务机构、投融资机构、科研机构和高科技企业等自愿发起成立的非营利性社会组织。促进会于2007年3月成立，从成立之初的13家发起单位，发展到目前120余家会员单位，其中常务理事单位38家，理事单位75家。促进会的宗旨是加强各企业孵化器之间，以及同科研机构、中介服务机构、风险投资机构等的联系，通过协调各方面的行动，举办各种培训，提供信息服务等，推动天津市企业孵化器国内外的交流与合作。增强天津市各企业孵化器的孵化能力，使其促进科研成果转化、孵育创业者和新建高科技小企业的潜力得以充分发挥，创造新的就业机会，推动科技型中小企业的培育和发展。
至今，中国4大直辖市均成立了孵化器协会组织，黑龙江、吉林、河北、内蒙古、江苏、浙江、安徽、湖北、广东、陕西、甘肃、云南、青海等地都成立了省级孵化器协会。广州、深圳、珠海、杭州、嘉兴、成都、哈尔滨、沈阳、大连、武汉、宜昌、昆明、青岛、宁波、南通、太原、厦门、无锡、泰州、徐州、东莞、惠州、佛山、乌鲁木齐等城市也成立了城市孵化器协会。一些县城孵化器发达的地方还成立了县级孵化器协会组织，如北京市丰台区，武汉市洪山区、武汉市青山区等。苏州高新区、广州高新区、成都高新区等成立了高新区孵化器协会。作为孵化器行业组织，各地孵化器协会积极、活跃地开展了大量培训、交流、评价与合作活动，成为传播行业信息、提高行业水平、整合行业资源的重要渠道，是创业孵化行业发展的重要支撑力量，在提升孵化器的孵化能力、促进科研成果转化、促进高科技企业成长方面发挥着不可替代的作用。
创业中心专业委员会持续发力
作为国家层面重要的孵化器行业协会组织，中国高新技术产业开发区协会创业中心专业委员会（以下简称“创业中心专委会”）于1994年正式成立。创业中心专委会开展了大量全国孵化器发展研究与指导、经验交流与推广、咨询与诊断服务以及国际合作等活动。
为适应不同时期工作需要，创业中心专委会在全国各地定期或不定期组织召开了大量各类不同专题的研讨会、经验交流会，有力地推广、普及了孵化器概念和经验。1997年开始推动建立了国际企业孵化器网络并召开年会，交流国际化经验，2000年开始推动建立留学生创业园网络年会，交流留创园建设和服务经验。随着中国孵化器数量大幅增长，2002年后创业中心专委会创造性地推出了区域性孵化器网络建设工作模式，形成华东、华北、东北、西部、中南五大片区，定期召开年会，加强孵化器跨省（市）的交流和合作。
根据中国改革开放的深入和国家发展战略总要求，创业中心专委会不断总结经验、发现问题，在科技部的要求和支持下，相继编制了中国孵化器“十五”“十一五”“十二五”和“十三五”发展规划纲要建议，为孵化器制定孵化器管理办法、考核指标制定等工作提供依据，编制行业教材，成为专业咨询智库，并推动了孵化器研究联盟和研究机构的设立。
此外，创业中心委员会还精心策划，举办了一系列行业活动，积极提高孵化器的服务水平与质量；探讨提升孵化服务功能的创新—建设孵化企业产权电子报价信息系统；尝试提供独具特色的孵化器咨询服务；组织和指导孵化器对外合作迈出新步子；推动“创业导师+专业孵化+天使投资”建设，有力地提升了孵化器服务能力；设计启动了“苗圃—孵化器—加速器”链条工作和中国创新创业大赛，营造了更好的创新创业环境。
参与发起亚洲孵化器协会
2002年4月，亚洲企业孵化器协会（Asian Association Of Business Incubation,AABI ）于第16届美国企业孵化器协会（NBIA）年会期间在加拿大多伦多正式成立。该协会每年组织两届年会、实施AABI孵化器计划，并开展各种会员合作交流活动，以促进亚洲地区企业孵化器、在孵企业及相关组织之间的信息交流和项目合作，推动科技创业活动的开展，从而为活跃亚洲地区经济做贡献。中国科技部火炬中心高新区管理处处长唐凤泉和上海市科技创业中心王荣等作为创会会员代表参加了成立大会。
为增强AABI成员孵化器及其孵化企业之间的跨国合作，AABI一开始还设立了每年50万日元的“Horibo创业者奖”，是由日本企业孵化器协会主席崛田雅夫（Massa Horibo）出资捐助的，拟定每年通过AABI成员国的推荐，由AABI考察、评选出当年在孵企业中最具有创业精神的中小企业家并给予奖金和授牌，以鼓励中小企业为当地经济发展和就业方面所做出的贡献。上海市杨浦创业中心内创业者姚海平荣获此奖。AABI还于2004年推出AABI荣誉孵化器计划，西安高新区创业中心有幸荣获此奖。这多是由各国和地区孵化器协会推荐、经由国际资深企业孵化器专家组成的AABI评委委员会考核、评选产生的优秀国际企业孵化器。它们将作为该国或地区孵化器和在孵企业对外合作交流的窗口，在AABI的协调下架构互惠互利、资源共享的平台。
2006-2007年，上海市科技创业中心主任王荣担任了第三届AABI主席，2007年起AABI将秘书处设在了上海，从此常驻上海。为了引领亚太地区孵化器发展，上海创业中心在市科委支持下，把“Horibo创业者奖”引进改为“火炬创业者奖”，每年1万美元，让火炬中心的品牌走向了亚太。在上海和国外成功举办了多次年会，发挥了中国在孵化器国际组织中应有的作用，确定了中国孵化器在亚洲和国际的地位。AABI现有国家和地区会员18个，涵盖了亚洲和太平洋地区，有日本、韩国、中国印度、新加坡、马来西亚、澳大利亚、新西兰及中国台湾、中国香港等。AABI在国际上已成为一支与北美、欧洲并驾齐驱的力量，受到极大重视。2016年，上海创业中心主任朱正红又被选为AABI新一届主席。